Những thay đổi cần biết về thuế nhà thầu từ 01/07/2026

Từ ngày 01/07/2026, thời điểm Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực, nhiều quy định liên quan đến thuế nhà thầu nước ngoài đã được điều chỉnh theo hướng chi tiết và phân loại rõ hơn trách nhiệm của các chủ thể tham gia giao dịch. Mặc dù một số nguyên tắc cơ bản vẫn được kế thừa, cách xác định đối tượng khấu trừ, kê khai và nộp thuế đã có những thay đổi đáng kể. Vì vậy, doanh nghiệp không nên tiếp tục xử lý theo kinh nghiệm áp dụng Thông tư 103/2014/TT-BTC hoặc Thông tư 80/2021/TT-BTC mà cần rà soát từng giao dịch cụ thể theo quy định mới. 

Phân tách 2 nhóm giao dịch

Một trong những thay đổi đáng chú ý nhất là việc tách biệt hoàn toàn giao dịch thực hiện trên nền tảng thương mại điện tử (TMĐT) với các giao dịch thông thường. Trước đây, pháp luật về thuế nhà thầu chưa có cơ chế riêng đối với trường hợp doanh nghiệp nước ngoài bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ thông qua nền tảng TMĐT. Đối với các nhà cung cấp nước ngoài (NCCNN) là tổ chức, doanh nghiệp Việt Nam áp dụng chung các nguyên tắc về thuế nhà thầu để khấu trừ và nộp thay.

Từ ngày 01/07/2026, cách tiếp cận này đã được thay đổi. Đối với các giao dịch phát sinh trên nền tảng thương mại điện tử, tổ chức kinh doanh tại Việt Nam áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT khi mua hàng hóa, dịch vụ của nhà cung cấp nước ngoài sẽ thực hiện khấu trừ và nộp thay theo khoản 3 Điều 43 Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Trong khi đó, đối với các giao dịch khác không thực hiện trên nền tảng thương mại điện tử, việc khai và nộp thuế được thực hiện theo cơ chế quy định tại Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC. 

Điều này dẫn tới một thao tác quan trọng đầu tiên trong thực tiễn là xác định chính xác giao dịch thuộc nhóm nào. Giao dịch mua qua nền tảng TMĐT, theo quy định mới, sẽ gắn liền với một số nghĩa vụ bổ sung cho bên mua như thông báo với chủ quản sàn TMĐT về việc đã khấu trừ. Vì vậy, nếu vẫn áp dụng cách tiếp cận cũ, doanh nghiệp hoàn toàn có thể bỏ sót mất các nghĩa vụ bắt buộc này.

Bỏ 03 điều kiện xác định áp dụng phương pháp kê khai

Một thay đổi cần lưu ý khác là cách xác định phương pháp nộp thuế của nhà thầu trong các giao dịch không qua nền tảng TMĐT. Trước đây, khi áp dụng Thông tư 103/2014/TT-BTC, doanh nghiệp đã quen dựa vào bộ 03 điều kiện tại Điều 8 để xác định nhà thầu nước ngoài áp dụng phương pháp kê khai (tự khai thuế như một doanh nghiệp Việt Nam thông thường). Ngược lại, nếu nhà thầu chỉ cần không đáp ứng 01 trong 03 điều kiện thì bên Việt Nam sẽ thực hiện khấu trừ và nộp thay theo phương pháp trực tiếp được quy định tại Điều 11.

Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC mới, việc xác định phương pháp tính thuế phải căn cứ riêng theo từng sắc thuế. Để áp dụng phương pháp tính theo tỉ lệ trên doanh thu (phương pháp trực tiếp trước đây tại Thông tư 103), đối với thuế GTGT, cần xem xét điều kiện tại Điều 9 Thông tư 69/2025/TT-BTC; đối với thuế TNDN, cần xem xét điều kiện tại Điều 7 Thông tư 20/2026/TT-BTC. Như vậy, không còn một bộ điều kiện chung cho cả 02 sắc thuế.

Theo đó, việc áp dụng máy móc "checklist" theo Thông tư 103/2014/TT-BTC sẽ không còn phù hợp. Mỗi giao dịch cần được đánh giá riêng về phương pháp tính thuế GTGT, phương pháp tính thuế TNDN và trách nhiệm kê khai của từng bên trước khi xác định nghĩa vụ khấu trừ.

Đảo ngược thứ tự người nộp thuế

Một điểm mới đặc biệt quan trọng là thứ tự xác định người có nghĩa vụ nộp thuế. Trước đây, theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, trách nhiệm khấu trừ của tổ chức tại Việt Nam chỉ được đặt ra khi NCCNN chưa đăng ký thuế, chưa khai thuế, chưa nộp thuế tại Việt Nam. Nói cách khác, doanh nghiệp Việt Nam thường phải kiểm tra trước xem NCCNN có đăng ký thực hiện nghĩa vụ thuế tại Việt Nam hay không rồi mới xác định trách nhiệm của mình.

Từ ngày 01/07/2026, quy định mới được thiết kế theo chiều ngược lại. NCCNN chỉ phải trực tiếp đăng ký, khai và nộp thuế đối với phần doanh thu chưa được tổ chức kinh doanh tại Việt Nam hoặc chủ quản nền tảng thương mại điện tử khấu trừ, kê khai và nộp thay (theo Điều 40 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Điều này cho thấy nghĩa vụ khấu trừ của bên trung gian/bên mua được đặt lên trước, còn nghĩa vụ trực tiếp của NCCNN chỉ phát sinh đối với phần doanh thu chưa được xử lý theo cơ chế khấu trừ. Đọc chi tiết hơn trong bài viết khác của chúng tôi tại đây.

Theo đó, việc rà soát giao dịch không nên bắt đầu bằng câu hỏi "nhà cung cấp nước ngoài đã đăng ký thuế tại Việt Nam chưa" như trước đây. Thay vào đó, doanh nghiệp mua hàng hoá, dịch vụ cần xác định bản thân đã được giao trách nhiệm nộp thuế ở hàng thứ nhất. Kể cả khi hoá đơn của NCCNN đã có thuế (có thể do chưa cập nhật quy định mới), bên Việt Nam vẫn phải rà soát cho rõ có hay không nghĩa vụ khấu trừ của mình theo quy định mới.

Thiếu định nghĩa về “bên Việt Nam”

Một nội dung có thể phát sinh nhiều vướng mắc trong thực tế là cách hiểu về khái niệm "bên Việt Nam". Theo Thông tư 103/2014/TT-BTC, khái niệm này được quy định khá chi tiết, bao gồm các chủ thể: bên mua hàng hóa, dịch vụ, bên trả thu nhập, bên phân phối hoặc cung cấp dịch vụ thay cho tổ chức nước ngoài. Thông tư này cũng quy định bên Việt Nam có trách nhiệm khấu trừ “trước khi thanh toán”, được hiểu là bên Việt Nam trực tiếp chuyển tiền sẽ đảm nhận nghĩa vụ này. Vì thế, việc xác định đối tượng có trách nhiệm khấu trừ tương đối rõ ràng.

Tuy nhiên, tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, không còn tồn tại một định nghĩa liệt kê và không gắn nghĩa vụ khấu trừ với thanh toán. Quy định được rút gọn theo hướng "bên Việt Nam ký hợp đồng với nhà thầu nước ngoài" là chủ thể thực hiện khấu trừ và nộp thay thuế. Văn bản này cũng chưa làm rõ phạm vi của hợp đồng này là hợp đồng mua bán, hợp đồng đại lý/uỷ quyền hay các loại hợp đồng khác; đồng thời cũng chưa quy định cách xử lý trong trường hợp một giao dịch có nhiều chủ thể Việt Nam tham gia. 

Do đó, đối với các mô hình kinh doanh có cấu trúc phức tạp như cùng có sự tham gia của bên mua, đại lý phân phối, bên thu hộ… đều là doanh nghiệp Việt Nam, việc xác định chủ thể khấu trừ, nộp thay có thể gây tranh cãi. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát và tham vấn cơ quan thuế đối với các giao dịch này. 

Làm rõ bên Việt Nam trong một số trường hợp

Trái ngược với sự rút gọn nêu trên, Thông tư 89/2026/TT-BTC lại bổ sung làm rõ chủ thể chịu trách nhiệm kê khai đối với một số loại hình kinh doanh đặc thù mà trước đây chưa nêu rõ. Theo quy định mới, văn phòng bán vé hoặc đại lý tại Việt Nam có trách nhiệm khai thuế đối với hãng hàng không nước ngoài; đại lý tàu biển hoặc đại lý giao nhận vận chuyển có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay cho hãng vận tải nước ngoài; bên Việt Nam có trách nhiệm khấu trừ, khai và nộp thay đối với hoạt động tái bảo hiểm nước ngoài. 

Những thay đổi này sẽ giúp giảm bớt tranh luận về trách nhiệm kê khai trong thực tiễn, đồng thời yêu cầu các đơn vị hoạt động trong lĩnh vực hàng không, vận tải quốc tế, logistics và bảo hiểm rà soát lại quy trình hiện hành để bảo đảm phù hợp với quy định mới. 

Người mua trong các lĩnh vực này (chẳng hạn doanh nghiệp Việt Nam mua vé máy bay của hãng nước ngoài) cũng bớt phải lăn tăn về việc có phải tự mình khai thuế nhà thầu không. Tuy nhiên, lưu ý rằng trường hợp NCCNN không có các đối tượng nêu tại điểm c, d, đ khoản 2 Điều 30 Thông tư 89 (văn phòng bán vé/đại lý/… tại Việt Nam) thì bên mua Việt Nam vẫn phải thực hiện khấu trừ, kê khai.

Có thể thấy, điểm mới lớn nhất của quy định từ ngày 01/07/2026 không nằm ở việc thay đổi thuế suất mà nằm ở việc thay đổi cách xác định chủ thể chịu trách nhiệm thuế và phân loại giao dịch. Đây là những thay đổi có tác động trực tiếp đến quy trình mua sắm, thanh toán và hạch toán của doanh nghiệp. Vì vậy, các đơn vị cần rà soát lại toàn bộ giao dịch với nhà cung cấp nước ngoài, đặc biệt là giao dịch trên nền tảng thương mại điện tử, giao dịch có nhiều bên tham gia và các giao dịch thuộc lĩnh vực hàng không, vận tải quốc tế, tái bảo hiểm. 

Ảnh: kavanchoksijapan@Pinterest